现在企业办理税务注销，是不是要先终止三方扣款协议？

不需要。

根据《国家税务总局关于深化“放管服”改革 更大力度推进优化税务注销办理程序工作的通知》（税总发〔2019〕64号）规定,自2019年7月1日起,

纳税人办理税务注销前，无需向税务机关提出终止“委托扣款协议书”申请。税务机关办结税务注销后，委托扣款协议自动终止。